中华预防医学杂志    2017年11期 使用多重组学方法研究鲍曼不动杆菌MDR-ZJ06对多黏菌素的耐受机制    PDF     文章点击量:91    
中华预防医学杂志2017年11期
中华医学会主办。
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使用多重组学方法研究鲍曼不动杆菌MDR-ZJ06对多黏菌素的耐受机制
中华预防医学杂志, 2017,51(11)
http://dx.doi.org/10.3760/cma.j.issn.0253-9624.2017.11.103

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使用多重组学方法研究鲍曼不动杆菌MDR-ZJ06对多黏菌素的耐受机制
    
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通过比较多药耐药鲍曼不动杆菌MDR-ZJ06和其多黏菌素诱导耐药株ZJ06-200P5-1在基因组学、转录组学、蛋白组学上的差异,阐述MDR-ZJ06应对多黏菌素耐药的适应性机制。
        通过诱导耐药实验获得MDR-ZJ06菌株对多黏菌素耐药的突变株ZJ200P5-1,诱导前后菌株对多黏菌素的最小抑菌浓度(MIC)值分别为0.38 mg/L和>256 mg/L(E-test法)。使用二代测序对ZJ06-200P5-1进行全基因组测序。对比之前完成的MDR-ZJ06的全基因组测序结果,用Breseq软件找出所有的SNP,含有SNP的区域用PCR扩增后再用Sanger测序验证。mRNA序列文库构建,转录组分析,实时定量PCR验证用之前文献方法进行。所得到的序列读长用Rockhopper软件与MDR-ZJ06的基因组比对。输出的数据用edgeR软件分析。两株菌的RNA测序的结果分别提交Genbank,序列号为SRR5234544(野生株)和SRR5234545(多黏诱导耐药株)。提取细菌总蛋白,对其进行特征性iTRAQ标记,后续进行高效液相质谱检测。通过MASCOT软件分析计算蛋白表达的上调和下调。
        比较基因组学的研究表明,lpxC基因由于ISAba1插入导致其失活,使细菌脂多糖(LPS)缺失。转录组学的分析表明多黏菌素耐药株改变了自己的代谢,涉及能量代谢和氨基酸代谢的通路被下调了,涉及碳水化合物代谢的通路被上调了。蛋白组学的分析表明RND外排泵系统的表达上调,FabZ蛋白及β-内酰胺酶的表达下调。这些改变都被认为是对LPS缺失的应答。总之,lpxC的突变不仅使其对多黏菌素耐药,也改变了细菌蛋白的表达谱。

参考文献